Laser finden auch in der Herzchirurgie Anwendung, insbesondere bei der Behandlung von Herzrhythmusstörungen und der Korrektur von Herzerkrankungen wie angeborenen Herzfehlern. Ein häufig eingesetztes Verfahren ist die sogenannte Lasermyokardotomie, bei der ein Laserstrahl verwendet wird, um das Herzgewebe zu durchtrennen und somit den Blutfluss zu verbessern. Diese Technik wird zur Behandlung von Hypertropher Kardiomyopathie eingesetzt, bei der die Verdickung der Herzwände den Blutfluss behindert.
Ein weiteres Anwendungsgebiet ist die sogenannte transmyokardiale Laserrevascularisation (TMR), bei der ein Laserstrahl auf das Herzgewebe gerichtet wird, um neue Blutgefäße zu bilden und die Durchblutung des Herzens zu verbessern. Dieses Verfahren wird bei Patienten eingesetzt, die an schwerer koronarer Herzkrankheit leiden und für die eine herkömmliche Bypass-Operation nicht in Frage kommt.
Darüber hinaus wird Laser auch zur Behandlung von Herzrhythmusstörungen eingesetzt, insbesondere bei Vorhofflimmern. Hierbei wird der Laserstrahl auf das Gewebe der Vorhöfe gerichtet, um die elektrischen Signale, die für die unregelmäßigen Herzschläge verantwortlich sind, zu unterbrechen und somit den normalen Herzrhythmus wiederherzustellen.